Спустя два с половиной года, Узмаки Наруто возвращается в родную Коноху возмужавшим и готовым на свержение любых гор. Его товарищи стали чуунинами и джонинами, теперь на них ровняются ученики Академии, они – светлое будущее, о котором мечтает каждый житель деревни. Но лишь немногие знают, что спокойная жизнь неумолимо подходит к концу, уступая место нападкам со стороны все чаще проявляющей себя преступной организации под названием Акацуки.
Акацуки специализируются на ловле хвостатых зверей, более известных как биджу, один из которых запечатан в так не вовремя вернувшемся Наруто. Опасность грозит всем пяти странам, убийства и пропажа людей учащаются, каге скрывают опасность, как могут, но очевидно одно: первый шаг к войне сделан.
Ничего не подозревающий, беспечный Узумаки все еще верит в то, что вернуть лучшего друга реально, и начинает искать способы исполнить обещание, данное когда-то Сакуре. Тем временем Саске, совершенно забыв о друзьях и Конохе, превозмогая себя, продолжает тренировки под началом Орочимару, все больше приближаясь к своей собственной цели – уничтожить старшего брата.
Каге Пяти Великих Стран трепетно оберегают своих джинчуурики, которые, помимо всего прочего, являются смертельным (и основным) оружием, лишение которого сильно подкосит оборону каждого поселения. Многие шиноби становятся шпионами, между странами пролегает глубокая трещина недоверия, где каждый сам за себя.